Vi ser litt nærmere på proteinbuffersystemet for å illustrere hvordan dette virker. Proteiner består av aminosyrer (se biokjemi). Aminosyrer består i utgangspunktet av både
en syregruppe (-COOH) og en aminogruppe (-NH2), men disse danner bindinger med naboaminosyrer og er slik ”oppbrukt”. Likevel har enkelte aminosyrer i proteiner ekstra slike grupper.
Dersom kroppsvæsken blir utsatt for ekstra syrer (fra biokjemisk nedbrytning av stoffer i kroppen) vil H+ fra slike syrer bli bundet opp av aminogrupper (-NH2) i proteiner etter følgende reaksjon (R angir resten av proteinet):
R-NH2 + H+ → R-NH3+
Vi ser at syrenes frisettelse av H+ blir bundet opp av proteinet og dermed motsetter proteinet seg pH-forandringen, forårsaket av H+. Dersom kroppsvæsken blir utsatt for høy pH, det vil si baser som gir OH–, vil syregruppene i proteinene frisette H+ etter følgende reaksjon:
R-COOH → R-COO– + H+, der H+ så vil reagere med OH– og danne vann (H2O, se over). Igjen ser vi at forandringer i pH blir hemmet av bufferen.